Game Boy Advance má iný slot pre kazety a používa iný procesor ako pôvodný Game Boy. Hoci existuje niekoľko výnimiek (napríklad farba Game Boy, ktorá je kompatibilná s Game Boy Advance), hry Game Boy nie sú kompatibilné s Game Boy Advance.
Hry Game Boy a Game Boy Color však môžete hrať na Game Boy Advance SP pomocou Game Boy Player príslušenstvo pre Nintendo GameCube.