Hlavným účinkom kyslé depozície pomocou kyslého dažďa padajúce do vodného prostredia je pokles pH vody . V podstate, ako sa očakávalo , voda sa stáva kyslejšie . Za normálnych okolností , voda v jazerách a riekach má relatívne neutrálne pH medzi 6 a 8 , ale to môže klesnúť drasticky v dôsledku kyslých dažďov . Malý Echo Rybník Franklin , New York , napríklad, má pH 4,2 . Niektoré jazerá, ktoré obsahujú minerály , ako je vápnik majú vstavanú kapacitu vyrovnávacej pamäte a možno tolerovať trochu kyslý dážď bez výraznejšej zmeny pH , zatiaľ čo ostatné jazerá nemajú túto pufračnej účinok . Kyslý dážď utiecť do vody , možno tiež rozpustiť hliník z priľahlých pôdy a výrazne zvýšiť úroveň tohto kovu vo vode .
Nežiaduce účinky na rastlinnú život