Anaeróbne baktérie môžu prežiť bez kyslíka , zatiaľ čo aeróbne baktérie potrebuje plyn prežiť . Väčšina baktérií sa nachádzajú v odpadovej vode sú faculative , čo znamená , že môžu žiť a množiť sa s alebo bez kyslíka . Okysličenej baktérie sú najúčinnejšie poškodí odpadu .
Čistiarne odpadových
Podľa amerického podzemnej vody Trust , baktérie sa používajú prirodzene rozkladajú škodlivé zložky vyskytuje v ľudskom odpadu . Mnoho septikov systémy a zariadenia na úpravu sú určené na liečbu vodu týmto spôsobom, a podobné postupy sa používajú v prírodných vodných telies , ktoré mohli byť kontaminované, s odpadom .
Prírodných vodných telies
Mikroorganizmy , ktoré žijú v prírodných vodných telies , ako sú lagúny , rybníky a dokonca aj oceány , prirodzene chrániť vodu a môže dokonca pomôcť prelomiť znečistenia , ako sú oleje . V roku 2010 , Florida State University začal študovať, ako masívny únik ropy ovplyvňuje prirodzené mikrobiálne komunity , ktoré chránia kvalitu vody na pobreží Mexického zálivu , určujúce faktory , ako je, ako rýchlo sa mikróby môžu odbúravať ropu .